Mentre la legislatura si avvia alla fine, nel mese di gennaio del 2001 si svolge a Bari il XLII Congresso del partito. Nonostante le perplessità avanzate da una parte dei delegati, la maggioranza considera ormai chiusa per i repubblicani l'esperienza di centrosinistra.

Nelle elezioni politiche, che si svolgono nel mese di maggio, il PRI si presenta nella coalizione della Casa delle libertà e dopo la vittoria elettorale partecipa alla formazione del nuovo governo guidato da Silvio Berlusconi, assumendo con Francesco Nucara il sottosegretariato al Ministero dell'ambiente, mentre il presidente del partito, Giorgio La Malfa, è eletto alla presidenza della commissione finanze della Camera.

Il 6 ottobre 2001 Giorgio La Malfa, dopo 14 anni, lascia la segreteria del partito per assumerne la Presidenza. Il consiglio nazionale del partito elegge come nuovo segretario nazionale l'on. Francesco Nucara.

Ad ottobre del 2002 il XLIII Congresso nazionale del partito che si svolge a Fiuggi conferma le scelte del congresso di Bari e la collocazione del partito nell'alleanza della Casa delle libertà, pur ribadendo l'irrinunciabile valore della sua autonomia. Il consolidamento della presenza repubblicana è confermato dalla ripresa delle pubblicazioni, a giugno del 2003, de La Voce Repubblicana, sotto la direzione di Francesco Nucara, dalla definizione di un organigramma operativo con la nomina di Italico Santoro alla vicesegretaria nazionale e con i risultati elettorali dei turni amministrativi, che registrano una nuova e combattiva presenza del PRI nelle amministrazioni locali.

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Ad oltre cento anni dalla sua costituzione l'unico simbolo immutato nel panorama politico italiano rimane quello dell'Edera e del Partito repubblicano: indice che le idee da cui questo partito trae alimento non sono mai appartenute al volatile dominio degli slogan dal respiro corto o delle utopie astratte la cui realizzazione poggia su basi artificiali e dunque periture, ma alla consolidata tradizione della democrazia senza aggettivi che da Mazzini in poi si è alimentata con il collettivo contributo di tanti uomini e donne che hanno voluto partecipare con la loro azione e il loro pensiero alla costruzione di un'Italia libera, democratica, laica e civile, ancorata ai valori dell'occidente.