Nel marzo del 1994 si svolgono le elezioni politiche con il nuovo sistema elettorale maggioritario. Si confrontano tre schieramenti, uno di centrodestra, guidato dalla nuova formazione politica, Forza Italia, fondata da Silvio Berlusconi, uno di centrosinistra e un terzo, il Patto per l'Italia, che vede riuniti il partito popolare, il patto per l'Italia, guidato da Mario Segni e il partito repubblicano. Il programma di questo schieramento prevede una riduzione della pressione fiscale, la riforma del sistema pensionistico, la regolamentazione dei flussi di lavoratori extracomunitari, la creazione di un sistema federalista basato sul criterio della sussidiarietà.
Il risultato elettorale è deludente. Gli italiani preferiscono dividersi tra i due schieramenti estremi, penalizzando quello di centro. Con la vittoria della Casa delle Libertà assume la guida del governo il leader del centrodestra, Berlusconi, che resta in carica sino a dicembre, quando l'uscita dalla maggioranza della Lega ne determina la caduta.
Preso atto della impossibilità di dare vita ad una alternativa centrista, il partito repubblicano, così come lo stesso partito popolare, decide di avvicinarsi alle forze di centrosinistra con l'intendimento di creare uno schieramento di unità nazionale che sappia affrontare i problemi del paese.
Nel gennaio del 1995, anziché sciogliere le Camere, Scalfaro affida la guida del nuovo governo a Lamberto Dini (gennaio '95- gennaio '96), che era stato ministro del tesoro nel precedente governo Berlusconi. Il repubblicano Guglielmo Negri viene chiamato a ricoprire l'incarico di sottosegretario alla Presidenza per i rapporti con il parlamento.
A marzo dello stesso anno si svolgono a Roma i lavori del XXXIX congresso del partito repubblicano, che confermano le motivazioni della scelta di schieramento come unità nazionale e pongono al centro dell'azione politica, nella generale indifferenza delle altre forze, il problema europeo, ovvero della necessità di uno sforzo straordinario per colmare la distanza dell'Italia rispetto alle condizioni poste dal trattato di Maastricht. A conclusione del congresso Giorgio La Malfa è riieletto segretario nazionale, mentre Guglielmo Negri assume la presidenza del partito.
A conferma delle scelte congressuali, in occasione delle elezioni politiche, ancora una volta anticipate, che si svolgono a maggio del 1996, il Pri decide di presentarsi nell'alleanza di centro-sinistra e nella quota proporzionale con il partito popolare. Condizione pregiudiziale per i repubblicani è la politica europea e l'ingresso dell'Italia nell'euro.
L'alleanza di centro-sinistra vince le elezioni grazie anche ad un accordo di desistenza con Rifondazione Comunista e si costituisce il governo Prodi (maggio '96- ottobre '98). I repubblicani impongono l'adesione dell'Italia all'euro, nonostante la tiepidezza del presidente del consiglio. Ma la vita del governo è stentata proprio per la contraddizione dovuta ai continui veti di Rifondazione. Il tentativo di riformare lo stato sociale e di porre mano alle sue opportune riforme viene bloccato da Bertinotti, mentre sul piano della politica estera l'intervento italiano in Albania, fermamente avversato dai partiti di estrema sinistra, è reso possibile dal voto favorevole del centrodestra. Finchè nell'ottobre del 1998 il ritiro della fiducia da parte di Rifondazione comunista porrà fine al governo Prodi, vittima delle indissolubili contraddizioni della sua maggioranza.
Nel mese di novembre, grazie al contributo di voti di una nuova formazione politica, l'UDR, guidata da Francesco Cossiga, nasce il governo D'Alema (novembre '98- dicembre '99). I repubblicani non vi partecipano e nel voto di fiducia si astengono.
Nel mese di aprile 1999 si svolgono a Roma i lavori del XL Congresso nazionale. Nella sua relazione il segretario La Malfa sottolinea come "sul piano delle decisioni politiche il congresso si presenta come uno dei più difficili e complessi nella ormai lunga storia del partito repubblicano. Esso dovrà prendere atto che è in pieno svolgimento la crisi della coalizione alla quale abbiamo partecipato dal 1995 in avanti e che questa crisi è di portata tale da condizionare negativamente la capacità della coalizione di guidare autorevolmente il paese". Il forte richiamo dei repubblicani ad impegnarsi sul problema prioritario dell'occupazione e la chiara denuncia dei limiti del centro-siinistra, vengono accolti dal presidente del consiglio D'Alema che interviene ai lavori sottolineando la validità della presenza del PRI e impegnandosi a realizzare le richieste repubblicane in tema di politica dell'occupazione.
Con questi chiarimenti il congresso si conclude confermando la continuità della collaborazione del partito al governo, ma ribadendo la sua "autonomia politica e programmatica", che li porterà a presentarsi con il loro simbolo nei turni elettorali amministrativi e nelle elezioni europee dello stesso anno.
Ma, nonostante l'apertura di credito accordata dai repubblicani, l'eterogenea alleanza di centro-sinistra mostra tutti i suoi limiti ed una palese incapacità ad avviare un processo riformatore. Il partito repubblicano accentua le sue critiche nei confronti della politica governativa e insieme ai socialisti, che escono dal governo, e alla nuova formazione guidata da Cossiga, l'URP, danno vita al "trifoglio" e determinano con il loro voto contrario al decreto sulla "par condicio", che vorrebbe impedire alle reti Mediaset di parlare di politica, la crisi del governo e la formazione di un secondo governo D'Alema.
A gennaio del 2000 si svolgono a Chianciano i lavori del XLI congresso del partito, che registra una crescente insoddisfazione dei repubblicani nei confronti dello schieramento di centrosinistra."Il Congresso Ðdirà La Malfa nella sua relazione introduttiva Ð parte dalla constatazione, fatta propria dal consiglio nazionale, del progressivo esaurimento del respiro strategico dell'esperienza dell'ulivo" e nella mozione conclusiva si impegnano i nuovi organi eletti "ad avviare nel paese e con tutte le forze politiche italiane inserite in Europa nelle tradizioni politico-culturali socialista e popolare una approfondita riflessione ed un dialogo in vista della definizione di un programma di governo per la prossima legislatura capace di assicurare in prospettiva quel salto di qualità assolutamente indispensabile per vincere le sfide poste dalla nuova situazione internazionale".
Dopo il risultato negativo per la maggioranza di centro-sinistra nelle elezioni regionali dell'aprile 2000, D'Alema rassegna le dimissioni e il Capo dello Stato affida la formazione del nuovo governo a Giuliano Amato. Anche nei confronti di questo governo i repubblicani si astengono dopo averne verificato l'inadeguatezza ad affrontare i problemi dell'occupazione e degli investimenti e dopo aver registrato l'insofferenza degli altri partiti della coalizione nei confronti del PRI.
Il giudizio dei repubblicani sull'esperienza di centrosinistra dell'intera legislatura è, alla fine, estremamente negativo. La maggioranza ha bruciato nell'arco di cinque anni tre governi, mostrandosi incapace di esprimere una chiara leedership, ma anche incapace di affrontare i problemi reali per garantire lo sviluppo del paese in conseguenza delle molte contraddizioni che contrappongono i partiti della coalizione, espressione di valori e programmi tra loro alternativi e inconciliabili.